超级增强子 (super enhancer, se) 为8 ~ 20 kb具有转录增强活性的超长顺式作用元件,可富集高密度的关键转录因子(master transcription factors)、辅因子(cofactor)和增强子表观修饰标记(histone modification marks),并激活细胞中身份决定基因的表达,发挥调控细胞命运的关键作用,还能促进关键致癌基因表达,富集疾病相关变异,具有重大研究价值,已经成为生物医学领域的研究热点。
医学研究意义
1. 发现致病驱动基因
2. 分析疾病关联变异位点易感性
3. 开发基于ses复杂性疾病的精准诊断和药物开发
超级增强子鉴定流程
测序流程
样本类型:细胞/组织
细胞数量:10*107
样本处理:甲醛交联
使用抗体:anti-h3k27ac/ anti-brd4/ anti-p300
分析结果示例
1、 普通增强子与超级增强子鉴定分析
2、 普通增强子与超级增强子差异(长度及数目)分析
3、 超级增强子鉴定及数量分析图绘制
4、 普通增强子与超级增强子信号富集图绘制
5、 超级增强子的注释及调控靶基因预测
6、 超级增强子调控靶基因kegg、go分析
7、超级增强子结合转录因子预测
超级增强子整体课题研究策略
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